En los cinco municipios de la entidad, la llamada "cifra negra" es decir el porcentaje de delitos que no se denuncia son: 83.2 por ciento en Tijuana, 92.3 en Mexicali, 91.9 en Ensenada, 82.8 en Tecate y 91.2 en Rosarito, “esta es una situación que no considera la SSPE en su índice delictivo mensual” asegura Juan Manuel Hernández Niebla presidente del CCSPBC, aunque sí ha disminuido el número de delitos, la tendencia a la baja es mínima y no es reflejada fielmente en las cifras oficiales.
Del estudio para determinar el índice de Cifra Negra en Baja California presentado por el Consejo Ciudadano de Seguridad Pública, se desprende que sólo el 39.3 por ciento de las víctimas acudió a presentar denuncia; entre las personas que no presentaron querella el 48.1 por ciento no lo hizo por considerar que es una pérdida de tiempo, el 26 por ciento por considerar que fue un hecho de poca importancia, 11.8 por ciento porque no tuvo las pruebas necesarias, 11 .3 por ciento por miedo al agresor y 8.8 porque consideró que los trámites ante el Agente del Ministerio Público son largos y difíciles.
De acuerdo con el estudio de quienes se dijeron víctimas de algún delito el 70.9 por ciento aseguraron no haber acudido ante ninguna autoridad, sólo el 6.2 por ciento lo reportó a la línea de emergencia 9-1-1 y un 1 por ciento de ellos asegura haber solicitado ayuda de un policía municipal, situación que es congruente con los resultados del análisis del nivel de confianza que tienen las instituciones donde en una escala del 1 al 5, los mejor evaluados fueron la Marina con 3.24, el Ejército con 3.15 y la Policía Federal con 2.59, en tanto que las peores calificaciones fueron para la Policía Municipal 2.10, los diputados con 2.8 y los partidos políticos con 1.93.